南京医科大学医学影像学院超声医学系，是集医疗、教学和科研为一体的专业学科。承担南京医科大学临床专业超声导论教学、医学影像学院5年制和7年制（现改为5+3）超声诊断学教学和实习。依托单位南京医科大学第一附属医院超声医学科，是首批国家级住院医师规范化培训基地，江苏省超声医师进修培训基地。现有主任医师4名，副主任医师/副教授8名，主治医师/讲师7名，其中博士研究生3名，硕士研究生25人，硕士研究生导师2名，江苏省医学会超声分会候任主委1人、江苏省医师协会超声医师分会副会长1人，江苏省超声工程学会理事长1人，副理事长1人。近五年来，科室承担国家自然科学基金1项，江苏省科技计划省级重点研发合作项目（社会发展）1项（共四家单位，南京大学、南京军区总医院、江苏省人民医院、江苏省中医院，项目总经费320万元），省级课题4项，南京医科大学教学课题3项。“十五”期间获中华医学科技奖二等奖1项，获省科技进步一等奖，省卫生厅新技术引进二等奖5项，院诊疗新技术奖多项。主编或参编超声有关专著15部，发表论文60余篇，其中SCI收录5篇，中华文章20余篇，培养研究生26人，平均每年接收南京医科大学影像学院影像专业学生实习30余人/年，全国各地进修医师10余人次。
科室仪器设备先进，技术一流，现拥有GE、西门子（SEMENS）、飞利浦（Philips）、声科、百胜等目前最高档彩色多普勒超声仪14台，超声探头配置齐全先进，除常规腹部、浅表器官和外周血管探头外，还配有浅表器官及腹部造影探头、阴道及直肠双平面探头、专用穿刺探头和术中探头、容积导航探头等，完全能满足临床各个科室不同诊治的需要。并较早启用了国内最先进的网络超声图文工作站，实现了科室报告电脑智能化管理。通过多机联网以及PACS系统(包括HIS,住院管理以及叫号系统)的应用，使图文资料存储、处理及查询、统计、分时段预约登记简单而快捷，极大地提高了工作效率，同时在教学、科研中发挥了重要的作用。
科室目前设有六个亚专科：腹部、血管、甲状腺、乳腺、肌骨和介入，每年除完成十五万人次以上常规超声检诊任务，还开展了超声弹性成像技术、超声造影技术及超声引导下介入诊断、治疗：包括肝肾甲状腺等囊肿的超声引导穿刺引流减压硬化治疗；超声引导肝肿瘤、甲状腺良性结节微波、射频热消融治疗；亚甲炎的超声引导穿刺药物治疗；各种肿瘤超声引导下的组织穿刺活检；冻结肩、腱鞘炎等肌骨软组织疾病超声引导下药物注射治疗等新技术、新项目，成为全国知名、省内领先的医教研一体的超声诊疗及研究中心，特别是下列技术是科室近几年的优势项目：（1）甲状腺结节恶性风险评估系统的构建和应用获得省卫健委医学新技术引进奖一等奖；（2）乳腺肿块超声造影，获得江苏省妇幼卫生保健新技术二等奖；（3）超声造影在肝脏恶性肿瘤微波、射频或激光热消融治疗术后疗效评估中的应用获得江苏省卫生厅医学新技术引进奖二等奖；（4）彩色多普勒指导临床皮瓣设计获得江苏省卫生厅医学新技术引进奖二等奖。